A endoscopia é um exame de imagem do trato digestivo e pode ser indicado quando o animalzinho apresenta problemas gastrointestinais como vômito, regurgitação, diarréia, entre outros.
 
Além disso, com a endoscopia é possível fazer a retirada de corpos estranhos e biópsias do trato gastrointestinal.
Através da endoscopia que pode ser feita a avaliação do trato alimentar, respiratório, urinário, otológico e reprodutivo. Outro caso em que a prática é indicada é a ocasião em que o pet ingere algo inadequado, já que com endoscopia é possível retirá-lo sem necessidade cirúrgica. Assim evita-se o desgaste e as complicações pós-cirúrgicas, o que traz alívio para o animal e seu proprietário.

Indicada também em animais que apresentam vômito, diarréia, espirro, sangramento nasal, secreção nasal, tosse, urina com sangue, entre outras sintomatologias. Pode ser realizada na maioria das espécies como cães, gatos